جنین شاهد برخی از بدترین خشونت ها در جریان انتفاضه دوم بود. این انتفاضه، پس از شکست مذاکرات صلح سال 2000 آغاز شد و به درگیری مسلحانه بین اسرائیل و گروه های شبه نظامی فلسطینی منجر شد.
در سال 2002، اسرائیل حمله بزرگی را به اردوگاه آوارگان جنین انجام داد. این عملیات بخشی از عملیات گستردهتر کرانه باختری بود و هدف آن، متوقف کردن حملات شبهنظامیان از جمله بمبگذاریهای انتحاری بود. به گفته آنروا که بازسازی اردوگاه را هماهنگ و عملیاتی کرده است، بیش از 400 خانه در این عملیات ویران شد و بیش از یک چهارم مردم بی خانمان شدند.
در بیانیهای که از صائب عریقات، مقام فقید فلسطینی، مبنی بر کشته شدن 500 نفر در جنین منتشر شد( بیانیهای که بعداً رد شد)، مواردی از امتناع اسرائیل از ورود نیروهای بشردوستانه به اردوگاه ذکر شده است اما این بیانیه گفته است که مبارزان فلسطینی در خانه های غیرنظامیان اسکان داده شده اند.
جنین در جریان موج خشونت اسرائیل و فلسطین که کرانه باختری را برای بیش از یک سال متشنج کرده است، به عنوان نقطه اشتعال ظاهر شده است. درگیری های مرگبار در این منطقه یک اتفاق عادی بوده است.
ماه گذشته، مبارزان فلسطینی و سربازان اسرائیلی یک ساعت به جنگ پرداختند که در این جنگ 6 فلسطینی کشته و بیش از 90 نفر زخمی شدند. هفت پرسنل اسرائیلی نیز در این درگیری زخمی شدند. مردان مسلح فلسطینی برای تلافی این کار، چهار اسرائیلی را در نزدیکی یک شهرک یهودی نشین به ضرب گلوله کشتند. این اتفاق باعث شد که شهرک نشینان شهرک های فلسطینی و ساختمان و اتومبیل های آنها را به آتش بکشند.
در ماه ژانویه، نیروهای اسرائیلی هفت مرد مسلح و دو غیرنظامی را در یک حمله در جنین کشتند. در روز بعد، یک مرد مسلح فلسطینی هفت نفر را در کنیسهای در حومه اورشلیم به قتل رساند.
چندین گروه شبه نظامی از جمله جهاد اسلامی در جنین حضور دارند. جنبش اسلامگرای حماس و شاخه مسلح جناح فتح به ریاست محمود عباس نیز جای پایی در جنین دارند.