سازمان های جهاد اسلامی و حماس بیش از دو دهه است که در جنین حضور دارند. با این حال، آنها اخیرا حمایت فزاینده ای از ایران برای دامن زدن به درگیری دریافت کرده اند.
در اول جولای، زیاد النخاله، دبیرکل جهاد اسلامی نقش ایران را تصدیق کرد. وی گفت:«بدون شک ما اذعان داریم که جمهوری اسلامی به مقاومت فلسطین کمک هایی اعم از تخصص، آموزش و کمک های اقتصادی کرده است. همچنین کمک‌های بشردوستانه به خانواده‌های شهدا و خانواده‌های زندانیان ارائه می‌شود.»
به گفته جاناتان اسکانزر کارشناس بنیاد دفاع از دمکراسی‌ها، «از زمان جنگ ۲۰۲۱ غزه، مقامات دفاعی اسرائیل به طور خصوصی و علنی هشدار می دهند که جمهوری اسلامی ایران چندین گروه نظامی را در کرانه باختری تسلیح، آموزش و تامین مالی می کند. نشانه‌های دیگری نیز وجود دارد که نشان می‌دهد این گروه‌ها را در مورد تاکتیک‌ها و استراتژی‌ها برای لحظاتی مانند ورود ارتش اسرائیل در زمین عملیات، راهنمایی می‌کند. اگر هدف کاهش نفوذ ایران در کرانه باختری باشد، اسرائیلی‌ها چاره‌ای جز انجام این عملیات ندارند.»
جو تروزمن معتقد است که ایران در حال اتخاذ تاکتیکی است که در کشورهای مختلف خاورمیانه مانند لبنان، یمن و عراق به کار گرفته است: تجهیز گروه‌ها در مناطقی که حکومت کافی و اجرای قانون مؤثر برای ایجاد نفوذ و بی‌ثبات کردن منطقه وجود ندارد.»
گزارش ۲۰۲۱ وزارت خارجه آمریکا ادعا کرد که حماس و جهاد اسلامی "کمک مالی، آموزش، سلاح و تجهیزات" از ایران دریافت می کنند. در این گزارش تخمین زده می شود که تهران سالانه ۱۰۰ میلیون دلار به صورت ترکیبی از سازمان های فلسطینی حمایت می کند. در فروردین ۱۳۹۲، حسین سلامی، فرمانده کل سپاه پاسداران انقلاب اسلامی ایران، گفت:«دست‌های نامرئی کرانه باختری و شما را مسلح کرده‌اند. تفنگ‌های خودکار مدرن و سلاح‌های خودکار را در دست فلسطینی‌ها ببینید.»
النخاله گفت در آوریل ۲۰۲۳ که «سلاح‌هایی که فلسطینی‌ها برای جنگ استفاده می‌کنند از ایران می‌آیند - ایرانی‌ها یا هزینه این سلاح‌ها را می‌پردازند یا آنها را تهیه می‌کنند. این ۳۰ سال است که ادامه دارد. اگر من تمام پولی را که ایرانی‌ها در این ۳۰ سال به فلسطینی‌ها داده‌اند حساب کنم، میلیاردها دلار است.»
تشکیلات خودگردان فلسطین در حال کاهش محبوبیت در میان فلسطینی ها است. زندانی کردن مخالفان سیاسی، بی ثباتی مالی، و فساد، از جمله عوامل این امر است. طبق یک نظرسنجی در مارس توسط مرکز تحقیقات سیاست و نظرسنجی فلسطین، ۷۳ درصد فلسطینی ها معتقدند که زمان استعفای محمود عباس، فرا رسیده است. تهران شرایط تشکیلات خودگردان را به عنوان یک فرصت ارزشمند تشخیص داده است، بنابراین حمایت از سازمان های مسلح برای بی ثبات کردن بیشتر کرانه باختری و تسریع در فروپاشی احتمالی خودگردان را افزایش داده است.